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企业应与掌握、接触商业秘密的关键人员如工程技术人员和管理人员签订保密协议和竞业禁止协议。明确这些人员的保密义务和泄密责任；对调离或退休的知悉该秘密的人员，提醒他们履行保密义务及泄密的法律责任。
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第一，保密的方式不同。保密协议也称为不披露协议，指企业与员工之间签订的协议，它要求员工保守商业秘密，不得披露。而竞业禁止协议是禁止从事竞争性的行业，它是指负有特定义务的工作人员在任职期间或离职后，在一定期间内不得从事与其任职企业有竞争的行业。
第二，保密的时间范围不同。保密协议并无时间限制，除非该商业秘密被他人突破，进入公知领域。而竞业禁止协议期限一般为3年至5年，并受法律的限制。
第三，违约的侵害后果不同。员工违反保密协议时，对企业商业秘密的侵害是实际存在的；而竞业禁止协议是对推定损害事先防范的制度，当员工违反竞业禁止协议时，对企业商业秘密的侵害是推定的。笔者认为，竞业禁止协议是保护商业秘密的一种更为行之有效的方法，它能对权利人的商业秘密保护起到更充分的保护作用。
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计算机软件存在商业秘密是客观的，特别是对商业秘密的核心技术，业界的同行们心里都非常清楚。但是，能够自觉运用保护商业秘密的法律手段来维护自己的权益，却显得非常不够。有的企业管理领导层根本就没有保密的意识，也就没有保密的措施，有的虽然采取了措施，但是措施不到位，保密制度不健全。
