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第一，保密的方式不同。保密协议也称为不披露协议，指企业与员工之间签订的协议，它要求员工保守商业秘密，不得披露。而竞业禁止协议是禁止从事竞争性的行业，它是指负有特定义务的工作人员在任职期间或离职后，在一定期间内不得从事与其任职企业有竞争的行业。
第二，保密的时间范围不同。保密协议并无时间限制，除非该商业秘密被他人突破，进入公知领域。而竞业禁止协议期限一般为3年至5年，并受法律的限制。
第三，违约的侵害后果不同。员工违反保密协议时，对企业商业秘密的侵害是实际存在的；而竞业禁止协议是对推定损害事先防范的制度，当员工违反竞业禁止协议时，对企业商业秘密的侵害是推定的。笔者认为，竞业禁止协议是保护商业秘密的一种更为行之有效的方法，它能对权利人的商业秘密保护起到更充分的保护作用。
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由于软件本身具有的脆弱性、易复制性、载体亦发生变化等特点，使得其证据保全与其他的保全有所不同。最好借助有经验且熟悉计算机软件的公证人员帮助，以提高证据的效力。
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（1）计算机软件的商业秘密是如何体现出来的即其商业秘密的表现形式;
(2对软件商业秘密采取的保密措施；
(3掌握该软件商业秘密的人员范围；
(4所涉及的人员对该软件商业秘密掌握的程度；
(5软件开发人员的分工情况；
（6）被侵犯的软件商业秘密是什么;(7侵权人以怎样的方法和手段实施了侵权行为。
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软件配置管理一是对软件实体进行管理，二是对软件的研制过程进行管理。大型国有企事业单位在软件研制的过程中，基本上都采用了各种软件版本工具来确保软件的质量。即便如此，也不一定能够确保软件技术状态的正确性。这是由于对软件研制过程中变更管理做得不到位造成的。因此，需要采用技术手段对软件变更过程进行有效管理，以保证软件质量。
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(1计算机软件中“不为公众所知悉”的标准的划分及界定；
(2计算机软件能为权利人带来经济利益。
(3实用性。实用性是指该信息具有确定的可应用性；
(4权利人应当采取保密措施。
