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企业应与掌握、接触商业秘密的关键人员如工程技术人员和管理人员签订保密协议和竞业禁止协议。明确这些人员的保密义务和泄密责任；对调离或退休的知悉该秘密的人员，提醒他们履行保密义务及泄密的法律责任。
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由于权利人对计算机软件商业秘密的认识不到位、界定不到位、保护措施不到位、诉讼证据不到位等原因，导致诉讼的多，胜诉的少的被动局面。
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从软件工程发展趋势来看，要更好的提高软件配置管理的质量，在理论上，可以让企业的软件配置管理流程融合GJB5000A软件能力成熟度模型与GJB9001B质量管理体系；在实践上，可以使用IBMRationalClearCase、CCC/HARVEST等版本管理工具，IBMRationalClearQuest等变更管理工具来提高软件配置管理水平。
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如对文件进行编号、划分等级，配置必要的保密、防盗设备，确保秘密文件及其所处区域的安全等。又如建立项目开发档案，妥善保管立项论证报告、阶段性开发文档包括立项、论证、编写、调试、测试、各阶段的软件版本及终级软件版本等技术文档资料。
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软件配置管理,软件变更管理,问题,建议软件配置管理的目的在于建立和维护软件项目生命周期内软件产品的完整性。配置管理工作如果做不好，很容易产生软件质量问题。
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针对软件变更管理中存在的问题，可以采用IBMRationalClearQuest软件变更管理工具进行高效的变更管理。该工具能够定制软件变更管理过程中的入库流程、出库流程、更改流程、缺陷管理流程等电子审批流程，还能够对软件变更历史记录进行查询，从技术手段上解决了软件变更缺少评审、验证等环节，以及软件变更过程可追溯性差等问题，让软件变更管理过程实现了模块化思想，从而提高了软件变更管理的效率及质量。
