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计算机软件存在商业秘密是客观的，特别是对商业秘密的核心技术，业界的同行们心里都非常清楚。但是，能够自觉运用保护商业秘密的法律手段来维护自己的权益，却显得非常不够。有的企业管理领导层根本就没有保密的意识，也就没有保密的措施，有的虽然采取了措施，但是措施不到位，保密制度不健全。
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在软件的工程开发的初级阶段，企业的管理者就应向其内部工作人员告知商业秘密的存在，做好保守秘密的思想教育工作，及早树立起保密的意识。
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第一，保密的方式不同。保密协议也称为不披露协议，指企业与员工之间签订的协议，它要求员工保守商业秘密，不得披露。而竞业禁止协议是禁止从事竞争性的行业，它是指负有特定义务的工作人员在任职期间或离职后，在一定期间内不得从事与其任职企业有竞争的行业。
第二，保密的时间范围不同。保密协议并无时间限制，除非该商业秘密被他人突破，进入公知领域。而竞业禁止协议期限一般为3年至5年，并受法律的限制。
第三，违约的侵害后果不同。员工违反保密协议时，对企业商业秘密的侵害是实际存在的；而竞业禁止协议是对推定损害事先防范的制度，当员工违反竞业禁止协议时，对企业商业秘密的侵害是推定的。笔者认为，竞业禁止协议是保护商业秘密的一种更为行之有效的方法，它能对权利人的商业秘密保护起到更充分的保护作用。
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在计算机软件纠纷案件审理中，权利人已经强烈地感受到，由于立法的目的原因，在有些情况下，使用《著作权法》和《计算机软件保护条例》对计算机软件保护，受其调整范围的限制，对权利人的保护显得有些不够充分，业界的人们纷纷开始寻求和选择更好的法律保护方式。近几年，在一些诉讼案件中，权利人比较多地使用了商业秘密的保护方式，以求最大限度地保护自己的计算机软件产品。这无疑是权利人法律保护意识增强的体现。但是，在调查中我们发现，如何利用商业秘密实现其保护，在审判实践中仍然反映出很多问题。
